恒温恒湿箱在运行时离不开箱体内的控制系统，而试验箱的控制器运算方式为新模糊的算法与新技术的控制，进行自动调整冷媒流量，有效的带走被测试品的发热负载，让其能够达到好效果。恒温恒湿箱的控制系统分为加热系统与制冷系统的两大主要控制系统。

　　加热系统：此系统是采用远红外镍铬合金高速加温电热丝，拥有高/低温两个单独的系统，它的温度控制是采用P·I·D+S·S·R系统的同频道协调控制，输出功率都是由微电脑来进行演算的，为了能够达到高精度与高效率的用电效益。

　　制冷系统：此系统是为了保证恒温恒湿箱对降温速率与低温度的要求， 本设备的制冷系统是采用进口的压缩机所组成的复叠式制冷系统，拥有匹配合理、可靠性高、使用维护方便等一些优点。制冷系统的工作原理是利用制冷循环来运行，此循环则是由两个等温与两个绝热过程的组成。它的设计则是用于能量调节技术，此技术能够让制冷系统运行的费用降低到较为经济的一个状态。

　　恒温恒湿箱是种能够检测材料在不同环境下所能承受的耐干、耐寒、耐热与耐湿的性能，因此控制系统的作用大之又大。